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Le Haut Conseil de l’évaluation de la recherche et de l’enseignement supérieur est impliqué dans l'évaluation de 4 filières de l'Université de Djibouti et dans l'évaluation du Centre d'Études et de Recherche de Djibouti
L'Université Toulouse III Paul Sabatier a accompagné l'Université de Djibouti à la mise en place d'une cellule de montage de projets à travers une série de formations.
Le Réseau Formations à l’Ingénierie par des Universités de Recherche est impliqué dans le volet de professionnalisation des formations et dans l'accompagnement des Centre d'Appui à la Pédagogie et à l'Enseignement de l'Université.
L’Institut Supérieur des Sciences de la santé de Settat, au Maroc, coordonne les activités de formation des enseignants de l'ISSS de Djibouti à la simulation en santé.
